Bij de implementatie van een cafetariasysteem of een keuzesysteem voor arbeidsvoorwaarden wordt meestal het advies gegeven om het reglement vooraf aan de belastingdienst voor te leggen voor de fiscale toetsing. Dit is echter niet verplicht. Geadviseerd wordt om in ieder geval wel met een deskundige adviseur dit systeem op te zetten.
Nu komt het vaak voor dat de belastingdienst een aanvraag maandenlang laat liggen. De aanvragende organisatie is dikwijls van mening dat ze pas na toestemming tot invoering mag overgaan. Hierdoor wordt de implementatie van een cafetariasysteem onnodig vertraagd, want wachten op toestemming is niet noodzakelijk.
De belastingdienst zal zich bij de beoordeling meestal strikt aan de wet houden en weinig creativiteit aan de dag leggen. Helaas blijkt in de praktijk dat veel belastinginspecteurs in eerste instantie, bij gebrek aan kennis op dit gebied, totaal verkeerde beslissingen nemen, en zo het proces frustreren.
Het is overigens altijd aan te raden een cafetariasysteem vóór daadwerkelijke invoering te laten toetsen door een fiscaal deskundige.
